全民奇迹的副本系统是游戏核心玩法之一，包含剧情副本、日常副本、组队副本和万魔塔等多种类型。剧情副本作为主线任务载体，通过骷髅王殿、仙踪秘境、冰后大殿等地图推进故事发展，通关后可获得经验、装备及宝石奖励，需注意观察BOSS攻击模式以提升评分。日常副本分为经验与金币两类，每日限次挑战且转生后重置，建议优先完成并搭配自动战斗功能提高效率。组队副本强调职业搭配与团队协作，通关后能获取声望、晶石等稀有资源，需合理使用复活道具确保队伍生存。万魔塔作为爬塔玩法，逐层挑战难度递增的怪物，限时机制下需灵活运用技能与药水，通关奖励包含羽毛、神鹰火种等高级道具。
副本地图设计各具特色，剧情副本中冰后大殿的冰雪场景与戈登王殿的暗黑风格形成鲜明对比，而组队副本地图结构复杂，隐藏宝箱和精英怪需团队探索。万魔塔每层场景独立，层次感与怪物组合变化带来持续挑战。日常副本地图虽相对固定，但难度分级机制让玩家能根据战力选择合适挑战。所有副本均设有SSS评分系统，一分钟内通关可获最高奖励，法师职业因群攻技能优势在速通中表现突出。
副本资源产出直接影响角色成长，剧情副本掉落各职业套装，组队副本产出绑定金币与生命晶石，万魔塔则提供翅膀进阶材料。经验副本建议在每日任务后优先完成，配合多倍经验丹可最大化收益；金币副本产出需通过回收使者处理非本职业装备。副本挑战需平衡战力与效率，500战力可开启40级骷髅王殿，200级巴洛克王室则需更高配置，战力不足时可通过强化装备或镶嵌宝石提升属性。
高效通关需掌握引怪走位与技能循环技巧，如法师使用黑龙波聚怪后接激光术速杀BOSS，组队副本中战士拉怪、牧师治疗的经典配合。副本重置机制要求玩家规划每日挑战顺序，避免转生后次数浪费。跨服副本开放后，玩家还需研究不同服务器的战术差异。全民奇迹副本体系通过多样化的玩法设计、阶梯式难度曲线和丰富的奖励机制，构建了可持续挑战的PVE内容生态。
